Przy użyciu środków farmakologicznych prowadzi się leczenie zachowawcze. Stosuje się także odpowiednią dietę, a w najgroźniejszych sytuacjach leczenie chirurgiczne.
Leczenie chirurgiczne prowadzone jest w przypadkach koniecznych m.in. w niedrożności przewodu pokarmowego, zapaleniu ropnym wyrostka robaczkowego, przerostowym zwężeniu odźwiernika, chorobach jelita grubego, przełyku oraz szeregu wad wrodzonych.
Leczenie dietetyczne – współczesne leczenie dietetyczne chorób przewodu pokarmowego opiera się nie tylko na podawaniu łatwo przyswajalnych składników, lecz także na zastąpieniu składników szkodliwych innymi, o równorzędnej wartości energetycznej i budulcowej. Jest to tzw. dieta eliminacyjna.
Dieta bezglutenowa polega na wyłączeniu z pożywienia produktów zawierających gluteny, czyli białek roślinnych zawartych w otoczce zbóż (pszenicy, żyta, jęczmienia) i zastąpieniu ich produktami otrzymanymi z kukurydzy i ryżu.
Dieta bezlaktozowa jest to pożywienie pozbawione cukru mlekowego – laktozy, którą zastępuje się innymi cukrami – glukozą lub fruktozą.
Diety bezresztkowe są to preparaty odżywcze zawierające aminokwasy, fruktozę, tzw. średniołańcuchowe kwasy tłuszczowe, czyli składniki, które nie wymagają trawienia i czynnego transportu przez ścianę jelita, gdyż same przez nią przenikają. Nie dochodzi więc do tworzenia się kału. Diety bezresztkowe są stosowane w stanach pooperacyjnych i w żywieniu bardzo ciężko chorych dzieci w zamian żywienia dożylnego lub jako etap przejściowy po nim.